기준 RaceID: Grün, D. 외. 단세포 메신저 RNA 시퀀싱은 희소한 장 세포 모형을 제시합니다. 자연 525, 251-5 (2015). 다운로드 : 고해상도 이미지 다운로드 (108KB) 다운로드 : 풀 사이즈 이미지 참조 RaceID2 및 StemID를 다운로드 : Grün, D. 외. 단세포 전사체 데이터를 사용하여 줄기 세포 정체성의 De Novo 예측. 세포 줄기 세포 19, 266-277 (2016). . . cran 또는 https://github.com/dgrun/RaceID3_StemID2_package 새로운 RACEID 패키지를 사용하십시오! 이 저장소의 raceID 스크립트를 대체합니다! StemID2/RaceID3 클래스 정의: RaceID3_StemID2_class.
R StemID2/RaceID3 샘플 코드: RaceID3_StemID2_sample. R StemID2/RaceID3 참조 매뉴얼: Reference_manual_RaceID3_StemID2.pdf StemID2/RaceID3 샘플 데이터: transcript_counts_intestine_5days_YFP.xls 기금 모금자는 연구 디자인, 데이터 수집 및 해석, 또는 출판을 위한 저작물을 제출하는 결정에 아무런 역할을 하지 않았습니다. . 아무 일도 일어나지 않으면 GitHub 데스크톱을 다운로드하고 다시 시도하십시오. dgrun/RaceID3_StemID2 새 릴리스에 대한 알림을 원하십니까? 현재 주소: 신경 유전학에 대 한 막스 플랑크 연구 단위, 프랑크푸르트 암 마인, 독일 설치 및 CALISTA를 실행 하는 방법에 대 한 자세한 내용은 CALISTA 웹사이트를 방문 하시기 바랍니다. RaceID3는 단일 세포 전사체 데이터에서 희귀하고 풍부한 세포 유형을 식별하는 알고리즘인 RaceID의 고급 버전입니다. 이 방법은 고유 분자 식별으로 얻은 전사체 수를 기반으로 합니다. . CALISTA는 단일 셀 발현 데이터를 분석하기 위한 사용자 친화적인 도구 상자를 제공합니다. 형제 성상 세포 및 interneurons 형성 이산 세포 복제본 이 문서는 원래 저자 및 소스가 적립되는 경우 무제한 사용 및 재배포를 허용하는 크리에이티브 커먼즈 저작자 표시 라이센스의 조건에 따라 배포됩니다.
RaceID3 및 StemID2는 R 컴퓨팅 언어로 작성됩니다. 허먼, JS. et al. FateID는 단세포 RNA-seq 데이터에서 다능성 선조에서 세포 운명 편향을 추론합니다. 자연 방법 15(5):379-386 (2018). 이 작품은 스위스 국립 과학 재단의 자금 지원을 받고 있습니다. . StemID2는 RaceID3 결과에 기초하여 세포 계보 트리의 생성을위한 알고리즘이며 다능성 세포 식별을 예측합니다. 성인 신경 전구 세포 (NPC)와 그들의 혈통 잠재력의 기여를 이해하는 것은 신경 과학에 있는 중대한 도전입니다.
To reveal progenitor diversity and cell-lineage relationships of postnatal NPCs in the subventricular zone (SVZ), we performed in vivo lineage-tracing genetic analysis using the UbC-StarTrack. 우리는 단일 SVZ-NPC의 자손, 클론 당 세포 수, 형제 세포의 분산 및 클론 내의 세포 유형을 결정했습니다. 장기 분석은 클론을 포함하는 세포 분산 패턴 및 클론의 수가 형제 세포의 신경교/신경 특성에 따라 다양하다는 것을 밝혔다. 형제 후각 상호 신경 세포는 주로 동일한 층 내에 위치했다, 형제 – 신경교 세포는 SVZ 인접 한 영역을 채우는 동안.
